進(jìn)區(qū)：
1.貨物到港后，憑正本提貨單，白卡及相關(guān)報(bào)關(guān)資料到保稅區(qū)海關(guān)申報(bào)進(jìn)境備案。（申報(bào)時(shí)經(jīng)營單位必須是注冊(cè)在保稅區(qū)內(nèi)的企業(yè)，如貨主非保稅區(qū)注冊(cè)企業(yè)，必須由保稅區(qū)企業(yè)代理）。
2.保稅區(qū)海關(guān)放行后，憑蓋有海關(guān)放行章的正本提貨單到口岸（海運(yùn)）或保稅區(qū)（空運(yùn)）的檢驗(yàn)檢疫機(jī)關(guān)辦理申報(bào)，放行后即可到口岸辦理提貨手續(xù)，同時(shí)，保稅區(qū)海關(guān)會(huì)在白卡上予以簽注。
3.車輛到港口提取保稅進(jìn)口貨物，必須在離開港口海關(guān)監(jiān)管區(qū)域前必須到口岸海關(guān)指定地點(diǎn)辦理海關(guān)加封手續(xù)。同時(shí)承運(yùn)車輛必須是海關(guān)許可的可以承運(yùn)保稅貨物的車輛。
4.承運(yùn)車輛到達(dá)保稅區(qū)卡口，先辦理驗(yàn)封、驗(yàn)貨核銷白卡后，方可將貨物運(yùn)至保稅倉庫，保稅倉庫憑加蓋保稅區(qū)海關(guān)驗(yàn)訖章的放行單卸貨進(jìn)倉，并在保稅區(qū)海關(guān)系統(tǒng)中輸入貨物進(jìn)倉信息，等收到海關(guān)確認(rèn)信息后即可。
出口：
1.貨物出口時(shí)，憑保稅倉庫簽發(fā)的提貨單、配艙回單、白卡和相關(guān)資料到保稅區(qū)海關(guān)辦理出口報(bào)關(guān)手續(xù)（整箱需提供箱號(hào)），保稅區(qū)海關(guān)受理后會(huì)制作關(guān)封，并將相關(guān)信息輸入保稅區(qū)電腦系統(tǒng)。
2.保稅倉庫在收到海關(guān)出區(qū)確認(rèn)信息后，即可打印保稅貨物出區(qū)憑單。貨物出保稅區(qū)卡口時(shí)，憑出區(qū)憑單辦理加封手續(xù)，并仍需海關(guān)許可的車輛運(yùn)輸。
3.貨物運(yùn)抵口岸，口岸海關(guān)憑保稅區(qū)海關(guān)關(guān)封辦理驗(yàn)放手續(xù)，并在配艙回單上加蓋放行章，口岸加蓋放行章的配艙回單辦理貨物裝運(yùn)出口。
進(jìn)口出區(qū)：
1.保稅貨物如在國內(nèi)銷售，憑保稅倉庫簽發(fā)的提貨單及區(qū)外經(jīng)營單位的報(bào)關(guān)資料辦理進(jìn)口清關(guān)。保稅區(qū)海關(guān)根據(jù)貿(mào)易方式的不同，按免稅、征稅的不同方式辦理清關(guān)。保稅區(qū)海關(guān)放行后，保稅倉庫在收到海關(guān)確認(rèn)信息后打印出區(qū)憑單，作為貨物出區(qū)憑證。
2.貨物出區(qū)時(shí)，在保稅區(qū)卡口辦理驗(yàn)貨手續(xù)后即可出區(qū)。

保稅區(qū)基本職能方式
基于海關(guān)和外匯的特殊管理機(jī)制，保稅區(qū)形成特殊的圍繞四大基本功能的基本運(yùn)作形式：
第1種 保稅倉儲(chǔ)等保稅物流運(yùn)作形式
保稅區(qū)內(nèi)實(shí)行"境內(nèi)關(guān)外"的政策，這樣一來在保稅區(qū)內(nèi)形成相當(dāng)寬松優(yōu)惠的保稅政策，即貨物從海外進(jìn)入保稅區(qū)不視同進(jìn)口，只有從保稅區(qū)再進(jìn)口國內(nèi)時(shí)才視同進(jìn)口，貨物從國內(nèi)到保稅區(qū)視同出口，這樣就形成了以保稅倉儲(chǔ)為核心內(nèi)容的保稅物流運(yùn)作形式。
三資加工貿(mào)易企業(yè)可以利用保稅區(qū)的物流功能，從保稅區(qū)進(jìn)口原材料，將半成品或成品出口保稅區(qū)，完成加工貿(mào)易手冊(cè)的核銷工作，將各種轉(zhuǎn)廠手續(xù)變成進(jìn)出口手續(xù)，從而大大提高物流效率節(jié)省物流成本，此外可以將出口的產(chǎn)品進(jìn)行內(nèi)銷而沒有內(nèi)銷比例等審批限制。
在中國采購的國際企業(yè)可以將采購出口貨物的配送中心設(shè)在保稅區(qū)，直接對(duì)國外市場(chǎng)進(jìn)行貨物配送，從而解決銷售地高成本配送問題。
銷售中國市場(chǎng)的進(jìn)口貨物可以先保稅倉儲(chǔ)在保稅區(qū)內(nèi)，再根據(jù)實(shí)際的銷售數(shù)量和形式進(jìn)行貨物清關(guān)工作，一方面可以減少供應(yīng)鏈維系的資金積壓成本（海關(guān)稅金占用流動(dòng)資金），另一方面可以適應(yīng)中國企業(yè)的不同銷售形式（免稅銷售和完稅銷售）。
第2種 出口加工等加工運(yùn)作形式
保稅區(qū)內(nèi)的加工貿(mào)易企業(yè)不實(shí)行銀行保證金臺(tái)帳、不實(shí)行外匯核銷制度，非常有利于企業(yè)開展出口加工工作。
保稅區(qū)內(nèi)加工貿(mào)易企業(yè)使用的進(jìn)口設(shè)備全部實(shí)行免稅，不受項(xiàng)目內(nèi)容限制和投資總額的限制。
第3種 國際貿(mào)易等貿(mào)易運(yùn)作形式
中國國內(nèi)目前還不允許外資獨(dú)資成立單純貿(mào)易性企業(yè)，但在保稅區(qū)可以成立并可以取得一般納稅人的權(quán)利，擁有人民幣帳戶、可開增值稅發(fā)票，實(shí)際上已經(jīng)擁有在國內(nèi)從事純貿(mào)易活動(dòng)的權(quán)利，這是保稅區(qū)的國內(nèi)貿(mào)易功能。
目前國內(nèi)的貿(mào)易性公司無法從事轉(zhuǎn)口貿(mào)易，但保稅區(qū)內(nèi)的企業(yè)有外幣的現(xiàn)匯帳號(hào)，可以從事外幣結(jié)算貨物的貿(mào)易活動(dòng)，實(shí)際上是擁有了國際轉(zhuǎn)口貿(mào)易的功能。
保稅區(qū)內(nèi)的貿(mào)易性企業(yè)同時(shí)擁有國內(nèi)貿(mào)易和轉(zhuǎn)口貿(mào)易雙重身分的權(quán)利，這就構(gòu)成了保稅區(qū)的貿(mào)易功能多樣化形式。
第4種 商品保稅展示等展示運(yùn)作形式
由于保稅區(qū)實(shí)行的是國際自由貿(mào)易區(qū)的模式，因此國際商品的保稅展示成為一項(xiàng)重要的保稅區(qū)功能運(yùn)作形式。
從國外運(yùn)往中國的貨物可以在保稅區(qū)內(nèi)進(jìn)行商品展示，可以設(shè)立相應(yīng)的展覽場(chǎng)館，安裝模擬使用國際的各種產(chǎn)品，這樣一來非常有利于國際產(chǎn)品銷售到中國，一方面大大降低展覽成本，簡(jiǎn)化展覽產(chǎn)品的通關(guān)手續(xù)，另一方面縮短考察的時(shí)間相應(yīng)減低了國內(nèi)企業(yè)的采購成本。
目前在全國的保稅區(qū)內(nèi)主力展示的商品為保稅汽車和大型工程機(jī)械成套設(shè)備，由于這些產(chǎn)品國內(nèi)展示成本非常高，保稅區(qū)展示優(yōu)勢(shì)非常突出。